三天之后，剧组完成在了美国的拍摄，前往厦门拍大学部分。
1990年，高晓松在暑假的时候，到厦门大学体验生活，和当时在厦大读新闻广告专业的女孩红结识。在见面一瞬间，高晓松就抑制不住自己狂热的心跳，疯狂爱上了这位大他两岁的红。
一个早晨，高晓松在为红梳头的时候，突然说了一句“有了”，他来不及找纸，就在一本书的封底上，记下了他瞬间的灵感，留下了《同桌的你》的初稿。这首由初恋女友带来创作灵感，相伴着初恋优美而略带忧伤的动人旋律，成了高晓松的成名作。
由于《同桌的你》是在厦大创作的，高晓松在写《同桌的你》剧本第一稿的时候，把故事放在了厦大。可由于《一起去看流星雨》在厦大取经拍摄，带来了极为恶劣严重，导致厦大拒绝了《同桌的你》到学校取经的要求。
《同桌的你》剧组没料到会出这种状态，剧组已经在北平的摄影棚中，按照按着厦大的样子搭了很多景。如果不能在厦大拍摄，换成其他大学，那搭的景将全部作废，不但会浪费一大笔钱，而且拍摄周期会大大延长。
万般无赖之下，剧组想出了一个办法，在厦门的集美大学和华侨大学取景，用这两所大学的建筑来冒充厦大，毕竟观众不知道哪些建筑是厦大的，哪些是其他大学的。
这种做法其实很不地道，但剧组确实没有更好的办法。
由于得到集美大学和华侨大学的大力协助，剧组的拍摄工作进行得非常顺利，不到两周的时间便完成了在厦门的拍摄。随后剧组回到北平，开始拍高中和大学的室内戏。
当时间来到11月中旬，经过将近两个月的拍摄，《同桌的你》拍摄终于走向尾声。这天下午，剧组开始拍摄《同桌的你》最后一场戏。
在非典的时候，林一因为出现感冒发烧的症状，被关进了隔离楼。周小栀听到隔离楼有人被医院救护车拉走，非常担心林一被感染。她叫上好朋友们，将林一从隔离楼里救了出来，他们也都因为这件事集体背上了处分。
周小栀听到隔离楼有人被拉走，以及林一牵着周小栀的手逃出隔离楼，在校园里奔跑躲藏的部分都已经拍完。今天拍摄的正是周小栀通过楼梯爬到二楼窗户前，打破窗户玻璃，说服林一，让他跟自己走的部分。
由于这部分不方便在学校拍摄，剧组便按照厦大隔离楼的真实样子，在摄影棚里专门搭建了一栋楼。说一栋楼不准确，其实只搭了三层。从外面拍大楼，只能拍到第三层。要是再往上拍，就会穿帮。
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