相比辽东各地可能面临的饥荒，武定皇帝还有更棘手的问题亟需解决。
更麻烦的事情是瘟疫。
由于连日暴雨，加之浑河河水倒灌进城，沈阳积水最深时，几乎淹没一半城门，连皇极殿都不能幸免。
水面漂浮着成百上千的家禽尸体，往日繁花似锦的南北大街宛若死域，等洪水退去，街道青石板被淤泥覆盖，臭不可闻，苍蝇与乌鸦到处乱飞。
老百姓们都把门窗封死，并非他们具备现代防疫知识，只是弥漫全城的腥臭味儿实在太难闻，即便三岁小儿也知道，多闻一口便要沾染瘟疫。
武定皇帝令工坊紧急赶制十万只简易口罩，民政官吏们挨家挨户敲门给百姓发放，这种简易口罩，其实就是两层棉布，如果真有瘟疫，估计很难阻拦病毒传播，它的心理作用要比实际作用更大。同时责令百姓非必要不得出门，若要出门，须提前向保甲报备。
当然，对于在外活动的民政官和维持秩序的镇抚兵，武定皇帝借鉴欧洲中世纪防疫心得，给他们佩戴一种鸟嘴面具，这种面具内部藏有可以净化空气的香料和草药主要是鱼腥草、甘草，小柴胡等，鸟嘴面具与后世防毒面具大同小异，在一定程度可以起到病毒防御功能，只是因为一副鸟嘴面具的造价太高，以大齐现在的财力，根本无法全面推广。
洪水刚刚退去，户部便与镇抚兵联合，组织大批人手，进入沈阳北边的七星山，采集艾草、金银花、柴胡、黄芩、鱼腥草、黄精、甘草等药材。
这些药材或用作熬制汤药，给百姓服用，或直接点燃焚烧，烟熏臭不可闻的南北大街。
此外，兵马司的官员在地势较高的城北，空出了一大批民房，用来安置可能染上瘟疫的病人。
八月初十日，武定皇帝下诏，所有官员全部居家办公，全城百姓非必要不得出门，每家所需果蔬柴米，由兵马司和户部官员统一配送，就这样，刘招孙在十七世纪上半叶，在大气帝国陪都，开始了帝国第一次封城。
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